Marcado por la señal en su mano, Link estaba destinado a convertirse en un héroe, pero en los tranquilos días posteriores a su primera misión, se sintió inquieto. Vagó por los bosques, cruzó los desiertos y se adentró en las cavernas de Hyrule, buscando pistas que explicaran su inquietud. Con el tiempo, percibió un susurro que se transmitía entre las aves, las bestias e incluso a través de las briznas de hierba: había una nueva magia en la tierra, innombrable y aterradora.
Inmóvil como una canica, la princesa Zelda dormía el sueño sin sueños del encantamiento. Cuando Link la encontró así vestida en el Palacio del Norte, comprendió al instante que estaba hechizada. Su mayor temor se había hecho realidad. Al negarse a revelar el poder secreto de la Trifuerza a un mago, Zelda había provocado su propia caída. Pero no todo estaba perdido. Si Link desvelaba el misterio del Gran Palacio, podría salvar a Zelda y la Trifuerza del Valor.
De nuevo, Link se adentró en los campos y bosques, pero estos lugares se habían vuelto salvajes y peligrosos, habitados por antiguos enemigos. Link se vio obligado a confiar en su ingenio y su habilidad con la espada a cada paso. Criaturas que nunca antes había visto también lo acecharon: arañas llamadas Deelers que caían de los árboles, altos Geldarms que surgían de las arenas del desierto de Tantari y, por supuesto, los Moblins, armados con lanzas y odio.
La misión de Link era entrar en cada uno de los seis palacios y devolverle a una estatua el cristal que faltaba. Juntas, las estatuas crearon una cerradura mágica en el Gran Palacio. Solo al reemplazar los seis cristales, Link pudo abrir la puerta final. En cada palacio, sin embargo, tuvo que luchar contra un guardián de estatuas de gran fuerza: Barba el Dragón, Ironknucle el Caballero, Carock el Mago y otros.
Al cerrar los palacios, Link cruzó Hyrule por completo, desde Ruto en el noroeste hasta la Montaña de la Muerte en el sur, desde el Palacio de la Isla en el Estrecho Tormentoso hasta la Isla del Laberinto en el Mar del Lejano Oriente. Ayudó a los aldeanos cuando pudo, pero nunca perdió de vista su objetivo final. Finalmente, tras descubrir los secretos del Viejo Kasuto, Link avanzó hacia el Gran Palacio, donde conoció al Pájaro del Trueno.
Una vez derrotado el Pájaro del Trueno, Link pensó que Zelda y Hyrule se salvarían, pero no fue así... todavía no. Agotado por el viaje, Link tenía un enemigo más que derrotar, un enemigo tan inesperado que no sabía qué hacer, pues era su propia sombra.
